Das Alter von Epfendorf ist nicht bekannt. Bodenfunde deuten auf römische Siedlung hin. Eine Römerstraße führte zu einer römischen Niederlassung bei Waldmössingen. Der Ort wird urkundlich erstmals erwähnt in Verbindung mit der Herzogin Hadwig von Schwaben (+994). Im Schrifttum kommt auch ein Ortsadel vor, ein Konrad von E. als Dienstmann des Grafen Berhold von Sulz (1222), sowie Peter von E. (1263). Im 14. und 15. Jahrhundert gab es einen Adel auch auf Burg Schenkenberg.
Epfendorf wechselte wiederholt seinen Besitzer, kam 1527 um 3716 Gulden an die freie Reichsstadt Rottweil und schließlich 1802 zu Württemberg, dem Oberamt Oberndorf zugehörig, seit 1938 beim Landkreis Rottweil. Schon unter dem Einfluss der freien Reichsstadt Rottweil besaßen zugehörige Orte eine gewisse Selbstverwaltung, die vom Vogt ausgeübt wurde.